Para que impostos configurados como Tipo Caixa, Exemplo PIS RETIDO, COFINS RETIDO, CSLL RETIDO (Ou seja PCC/CSRF) no cadastro do Tipo de Documento a opção de Descontar do Líquido (Impostos) devem estar desmarcada pois o pagamento é o fato gerador e não a emissão da nota.
Sempre que for mudar algum tipo de imposto que tem impactos correntes a partir da data de mudança, a sugestão é sempre criar um tipo de documento novo para não ter impactos relevantes com informações anteriores (Reemissão, reintegração, etc…)
Exemplo: